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自給部         食料自給を推進するための調査・研究、普及・啓発、ネットワークの運営
生産部         有機農業の生産技術、資機材に係る調査・研究、普及・啓発、相談
生活部         健康な食べ方と有機生活に係る調査・研究、普及・啓発、相談
種苗部         自家採種の普及、在来種等の保存に係る調査・研究、普及・啓発、ネットワークの運営
科学部         食品安全と環境保全等に関する調査・研究、関連情報の普及・啓発、ネットワークの運営
提携と基準部      生産者と消費者の提携の推進、有機農業生産、有機生活等に係る基準、資格等の設定、関連団体との提携、協力
青年部         青年層への有機農業の普及
国際部         諸外国の有機農業関連団体等との交流、有機農業の推進のための国際協力
事業部         本法人活動に係る書籍、資料、映像資料等の作成、刊行、頒布、講習会等の開催
総務部         会の運営に係る総合的な事務の統括
組織部         会員間の交流の促進
財務部         会の財務及び会計に係る経理の統括

種苗ネットワーク    自家繁殖活動を促進する種苗情報の収集、調査、提供、種苗の斡旋、提供
有機農業サポート委員会 有機農業アドバイザーの選定・支援、新規就農の支援、有機農業に関する相談・指導